Transformer les signatures microbiote en données quantitatives exploitables

Enjeux et complexités de l’étude du microbiote intestinal

Propre à chaque individu, le microbiote intestinal est aujourd’hui au cœur des enjeux de santé, de nutrition et des développements thérapeutiques. Son étude est indispensable pour mieux appréhender son rôle, notamment dans certaines maladies infectieuses ou inflammatoires.
Pourtant, une large partie des analyses du microbiote repose encore sur des données relatives issues du séquençage et de la PCR quantitative, souvent difficiles à comparer ou à exploiter de manière robuste dans le temps. La capacité à définir une signature microbiote fiable nécessite des outils capables de produire des données quantitatives exploitables, y compris sur des matrices complexes comme les fèces ou les eaux usées.

La solution IAGE : au service des acteurs de la recherche sur le microbiote

Chez IAGE, nous accompagnons les acteurs de la recherche, de la santé et des biotechnologies dans l'étude et l’exploitation du microbiote intestinal grâce en nous appuyant sur une expertise reconnue en PCR digitale (dPCR) et à nos méthodes d’analyses standardisées, issues notamment de notre expérience appliquée sur des matrices complexes comme les fèces, les eaux usées ou d’autres matrices environnementales. Notre maîtrise de la dPCR permet une quantification absolue plus fiable et plus sensible, avec moins de biais analytiques que la qPCR, en particulier sur ces matrices complexes à fortes concentrations en inhibiteurs.
Grâce à cette approche novatrice, il devient possible de quantifier précisément et spécifiquement les micro-organismes ciblés, de suivre les dynamiques microbiologiques en réponse par exemple à des stress ou des traitements, et de transformer des signatures microbiote en véritables outils d’aide à la décision.
Nos équipes interviennent depuis la définition de signatures microbiote ciblées jusqu’à la mise en place de panels quantitatifs robustes adaptés aux besoins des projets R&D, précliniques, cliniques ou industriels.
Forte de plus de 1 200 sondes développées, d’une plateforme standardisée et de méthodes adaptées aux environnements riches en inhibiteurs, IAGE est capable de définir des signatures microbiennes pertinentes pour le suivi microbiologique, la recherche de biomarqueurs ou le développement de modèles prédictifs.
Notre expertise historique dans l’analyse des eaux usées, appuyée par une accréditation COFRAC pour la recherche de pathogènes viraux, constitue un atout clé pour développer des approches innovantes de surveillance et d’analyse du microbiote environnemental.

Les avantages de la solution IAGE pour l’étude du microbiote

- Quantification absolue et spécifique des micro-organisme viables.
- Accès aux modélisations : Analyses fines, identification de dynamiques, et modélisations prédictives deviennent possibles à partir des données quantifiées.
- Cout réduit (multiplexe, organisation industrielle) : accès à un coût, et dans des délais très réduits, à des données quantitatives précises. Cela ouvre la possibilité de multiplier les mesures de manière économique pour réaliser des suivis dans la durée et/ou obtenir des volumes de données statistiquement significatifs.
ANALYSES STANDARDISÉES
QUANTIFICATION ABSOLUE
TRAITEMENT DES DONNÉES
RÉDUCTION DES COÛTS

IAGE : des solutions innovantes pour les entreprises ou les laboratoires qui travaillent sur le microbiote intestinal

Nous vous accompagnons à chaque phase de développement, et de manière totalement flexible.
Schema microbiote IAGE

1)      Quantification absolue à la demande

À partir de son catalogue de cibles, et au besoin en développant de nouvelles, IAGE réalise les mesures demandées dont vous avez besoin, typiquement dans un délai de 72h.
Nous intervenons en prestation de service en tant que société contractuelle de recherche. Pour ceIa, IAGE dispose de l’agrément CIR.
IAGE met en place avec vous toute la logistique et la traçabilité nécessaires, quels que soient les volumes demandés.

2)      Accompagnement de programmes de recherche et/ou de développement de produits

IAGE mobilise son expertise et ses moyens pour accompagner un programme de recherche, par exemple sur l’évolution du microbiote, ou sur le développement de traitements ou de probiotiques.
Nous contribuons à définir à chaque étapes les mesures utiles et réalisons les mesures avec les normes de qualité les plus hautes. Nous apportons également notre expertise en matière de traitement des données, d’outil de représentation et de partage des données et de modélisation pour accompagner les équipes de recherche et développement de nos clients jusqu’à la phase clinique.

3)      Développement d’outils de pilotage ou de diagnostic

La mesure quantitative et les modèles permettent d’aboutir à des outils d’aide à la décision performants : contrôle analytique de production ou biomarqueurs, par exemple en croisant les mesures quantitatives avec des métadonnées supplémentaires.
IAGE peut développer les mesures et analyses mathématiques nécessaires pour vous permettre d’aboutir à des outils utilisables en conditions réelles.
Enfin, nous pouvons également développer des outils de visualisation de résultats, de partages et d’analyses pour répondre à vos enjeux et usages.
PARTENARIAT

Le laboratoire IAGE, nouveau partenaire de LE FRENCH GUT

Logo Le French Gut
Décidés à s’impliquer dans les nouvelles recherches qui voient le jour, nous avons rejoint LE FRENCH GUT comme partenaire, à la fois sur les mesures à réaliser mais aussi pour contribuer aux modèles mathématiques qui seront tirés des projets développés dans ce cadre.
Nous sommes fiers de contribuer à l’amélioration de la connaissance et de mettre notre expertise au service de cette démarche.

Bon à savoir
Bon à savoir :
Le cœur de l’expertise de IAGE est de développer des sondes pour des mesures en digital PCR pour toute cible d’intérêt. Notre apport spécifique à l’étude du microbiote consiste à partir des microorganismes du microbiote jugés d’intérêt par nos partenaires ou clients, puis de développer les process et sondes les plus efficaces.
Nos recommandations :
Vous définissez vos cibles d’intérêt à partir d’identifications réalisées au préalable, et le type de résultats attendus (valeurs de mesures brutes, niveaux…), en fonction de vos objectifs et IAGE met en place la chaine logistique puis définit les meilleures combinaisons pour des multiplexes éventuels (actuellement jusqu’à 6 cibles). Il est ainsi possible de répondre à des besoins de suivi les plus divers et les plus précis.
Nous vous accompagnons :
IAGE définit avec vous les meilleures combinaisons pour des multiplexes éventuels (actuellement jusqu’à 6 cibles), et met en place la chaine logistique.
Il est ainsi possible de répondre à des besoins de suivi les plus divers et les plus précis.
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Bon à savoir
Bon à savoir :
La mesure quantitative permet de changer radicalement de type d’analyse mathématique, puisque l’on passe d’un mode binaire (présence/absence, comparaisons relative entre abondances) à un mode continu (l’ensemble des valeur de concentration). Cela permet :
- Le suivi des évolutions dans le temps pour un organisme, et donc la possibilité de développer des modèles d’évolution.
- Le croisement des données de mesures avec des métadonnées (informations sur les patients, cohortes, données génétiques,…).
- L’utilisation de modèles statistiques ou d’intelligence artificielle bien plus développés pour quantifier les influences de différents paramètres sur un micro-organisme, ce qui permet de développer des modèles de co-existence ou d’influence, donc de prévision.
La mesure quantitative ouvre ainsi la possibilité de créer des outils d’aide à la décision dans l’analyse et le contrôle du microbiote.
Nos recommandations :
Vous impliquez IAGE en amont dans la définition des mesures à réaliser pour exploiter au mieux notre expertise et les outils mathématiques envisageables.
Nous vous accompagnons :
IAGE vous accompagne dans la définition des mesures les plus pertinentes, dans les usages possibles des mesures réalisées (par exemple l’analyse de co-occurrences), et sur les outils mathématiques qui peuvent être utilisés, en fonction de vos objectifs.
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Bon à savoir
Bon à savoir :
Les données quantitatives montrent leur force et leur avantage à toutes les étapes d’un projet où l’on cherche à identifier des mécanismes d’évolutions, de la phase de R&D jusqu’aux test cliniques.
IAGE dispose d’une expertise aussi bien en matière de réalisation des mesures, qu’en matière de modélisation et de conception d’outils de partage, de représentation et d’analyse des données.
Nos recommandations :
Selon vos objectifs ou l’état d’avancement de votre projet, considérez tous les domaines d’applications, par exemple :
- Validation quantitative de signatures microbiennes, intégration dans des modèles prédictifs.
- Optimisation et standardisation des procédés de production de micro-organismes viables.
- Transformation des hypothèses biologiques en panels quantitatifs robustes.
- Pré-traitement : identifier les profils les plus susceptibles de répondre.
- Début de traitement : mesurer l’engagement biologique.
- Validation de biomarqueur compagnon de réponse : développer et valider un biomarqueur fécal de probabilité de réponse et/ou de réponse biologique précoce
Nous vous accompagnons :
IAGE peut mobiliser ses experts métiers et ses expert en modélisation pour vous aider à bâtir les plans d’expérience, puis mettre en place la logistiques, la traçabilité, jusqu'aux outils d’analyse, de partage et de représentation des données utiles pour vos recherches.
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